El Club de Fútbol Sala Sant Boi se fundó el año 1999.

La entidad nace de un grupo de amigos liderado por David Albiñana y su familia. El joven protagonista sufría atrofia muscular, un trastorno que afecta al músculo esquelético, por ello nunca pudo practicar el deporte que más le gustaba: el futbol sala. Así pues, se considera los Albiñana como los antecesores de la gran familia que representa el club.

Los dos primeros años de la entidad supusieron un gran esfuerzo para los pioneros. La falta de patrocinadores y ayudas públicas impedían el crecimiento. Tras ese convulso inicio, el club creció tanto a nivel institucional como futbolístico. En el año 2004 se creó la base para participar en categorías inferiores. La familia CFSSB incrementaba, pese la desaparición del integrante más importante, David. Hecho que puso en cuestión la continuidad de la institución, pero el grupo de amigos decidieron seguir adelante para que permaneciera intacto el sueño de su querido amigo.